Vattnet i Lillfjärden
Viktiga tillflöden är Hornån, Stormyreån och vatten från dagvattendammen. Eftersom tillrinningsområdet omfattar stora jordbruksmarker och andra ytor som påverkas av mänsklig aktivitet tar Lillfjärden emot stora mängder fosfor och kväve – närsalter - som gör vattnet grumligt och näringsrikt. Närsalterna når så småningom Hudiksvallsfjärden och bidrar till övergödningen av Östersjön.

Naturvårdsverket klassar övergödningen som det största hotet mot havsmiljön och att stoppa denna är ett av svenska statens viktigaste miljömål.
Lillfjärden uppfyller pga. denna övergödning inte kraven för god ekologisk status.
Fiskarnas ljusa färg visar att vattnet trots att det är grumligt inte innehåller några större mängder färgämnen (humus).
Lillfjärden är pH-känsligt vilket innebär att vattnet periodvis kan vara surare. Dessa s.k. surstötar beror på att svavelföreningar frigörs till vattnet till följd av mänsklig påverkan i tillrinningsområdet.

Man har tagit prover på fisken i Lillfjärden. Fisken kan ätas i enlighet med de rekommendationer som livsmedelsverket har.

Vid högvatten rinner något saltare vatten från Hudiksvallsfjärden upp i Lillfjärden vilket i viss grad förändrar vattenkvaliteten.